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Francis Delphy raconte son enfance pénible à Wally. Ils découvrent tous les deux que leur imagination perturbe leur perception de la réalité. Dans le but d’exploiter ce qu’il appelle ses « pouvoirs », Thor Stafford surveille Delphy et sa famille.
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Le Poséidon est envoyé vers une station de forage, cible de mystérieux sabotages. Même après avoir été déplacée, le phénomène se reproduit. La bathysphère du Poséidon est entourée et électrocutée par d’étranges méduses.
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Wally Baumann étudie une méduse remontée à bord par la bathysphère. Francis Delphy refuse de détruire celles qui ont aussi attaqué le Poséidon. À leur retour, Wally apprend qu’Alfred Baumann est séquestré en Bretagne, dans un laboratoire financé par Thor Stafford.
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Avec l’aide de Scott Bradley, Wally et Francis retrouvent Alfred Baumann et son assistant. Thor respire volontairement le gaz expérimental d’Alfred et doit en assumer les conséquences, tandis que son concepteur, enfin libre, projette de continuer ses recherches dans son propre laboratoire.
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Quitté par Wally, Francis appelle souvent Célia Lefranc, même s’il est sûr que Wally l’aime toujours. Jonathan Cody est engagé à bord du Poséidon comme informaticien, malgré sa couleur noire, mal acceptée par certains membres de l’équipage. Le Poséidon fait naufrage sur l’île P78, suite à un défaut informatique, reproché à Cody, à tort.
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L’esprit d’un homme, mort sur l’île P78, hante encore les lieux. Cody et Lilen se réconcilient. Le bateau où travaille Célia vient secourir le Poséidon. Elle apprend à mieux connaître Francis Delphy. Des liens plus fort se créent entre eux.
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Francis et Gladys découvrent qu’ils ont une sœur commune. Wally revient à bord du Poséidon pour enquêter sur un échouage de baleines. Francis Delphy rencontre Frances, sa sœur illégitime, sur une île voisine. Elle fait partie d’un groupe d’écologistes dissidents et agressifs.
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Frances semble bien connaître son frère. Francis n’arrive même pas à lire ses pensées. Le leader du groupe écologiste, conjoint de sa sœur, le menace alors qu’il enquête aux abords de l’île. Devenu sirein, blessé par des requins, Delphy peine à regagner le Poséidon. Il pense que Frances influence sa réceptivité.
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Des océanographes, accueillis à bord du Poséidon, ainsi que deux pilotes d’hélicoptère, sont persuadés d’avoir vu un sirein. Thor Stafford et Mandis s’invitent à bord du Poséidon. Ils se font passer pour des mécaniciens et règlent les quiproquos à leur manière. Frances, devenue amie de Gladys, essaie de dissuader Célia de se marier avec Francis.
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Frances offre à Francis la montre que sa mère lui a donnée il y a vingt ans. Elle s’excuse auprès de Célia et continue à se montrer agréable. Francis Delphy épouse Célia Lefranc. Il décide de renoncer à ses dons, persuadé qu’ils sont issus d’une mauvaise énergie. Lors de tests en mer avec l’armée, Francis sabote le Poséidon, inconscient de ses actes.
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Delphy, relevé de ses fonctions, est assigné chez lui. Frances feint d’avoir été elle-même manipulée, mais continue d’agir sur le mental des gens qui l’approchent. Francis est enfin réhabilité. Célia lui annonce qu’elle est enceinte. Emma Delphy relâche un ptérodactyle mutilé sur une île isolée. À terre, Frances continue de conspirer contre son frère.
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Carnets de Francis Delphy depuis le numéro 30 Des documents originaux et très spontanés. Le dessin se veut indicatif, suggestif. À prendre tel quel... De dérives en prises de conscience, d’autres chemins conduisent Delphy dans une pseudo normalité qui se révèle destructive pour lui et ses proches.
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Francis comprend ce que signifie la haine de Frances. Il retrouve Wally et Emma, sans ressources, sur l’île du ptérodactyle. Un typhon, suivi d’une éruption de gaz mortel, rend leur sauvetage périlleux. Dans une grotte, ils trouvent des indices sur l’existence très ancienne du continent Atlantide.
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Les fonds marins se modifient. Des vestiges de l’Atlantide apparaissent. Huit membres de l’équipage du Poséidon, en mission sur l’île, sont propulsés dans le passé. Prisonniers des Atlantes, deux fois plus grands qu’eux, ils deviennent esclaves ou jouets. Zédéus exploite les connaissances de l’amiral Grant.
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Cette épreuve rapproche Francis de Wally. Une collaboration se crée entre les hommes du futur et les Atlantes, mais le continent est instable. Les explorateurs reviennent à bord du Poséidon en pensant avoir rêvé. Delphy croit devenir fou. Wally retrouve son poste de biologiste à bord.
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Grant, Torres, Baumann et Delphy atterrissent avec le subcoptère sur le destroyer « USS Seattle ». Des savants et des militaires s’y disputent la découverte de l’île et de sa distorsion temporelle. Mandis, adulte, fait partie des scientifiques et veut empêcher la destruction du site. Wally y retrouve un ex-ami d’enfance, Chris Haller. Jenny reproche à son père d’être toujours absent.
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Francis et Wally descendent à six mille mètres de profondeur dans un bathyscaphe, à la rencontre d’étranges méduses. Déjà confronté à ce phénomène en 1980, Thor Stafford vient apporter son expérience à Chris Haller et à l’équipage du Poséidon. Jenny, sa secrétaire stagiaire, l’accompagne. Une tornade emporte le bateau où ils sont regroupés.
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Delphy relit le journal de sa mère, convaincu que Frances existe quelque part. Il retrouve sa sœur, lors d’une conférence. Celle-ci s’appelle Régina et ignore qu’elle a été adoptée. Elle connaît l’histoire d’une pierre quand elle la touche. Ce don lui permet d’embarquer à bord du Poséidon, à la recherche de roches noires aux propriétés particulières.
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Chris Haller, Thor et Jenny naviguent en Antarctique, pendant que le Poséidon se dirige vers l’ex-labo de Thyria l’Orsanienne. Des ondes négatives provenant des pierres noires atteignent ceux qui les approchent de trop près. Francis plonge à la recherche de Chris et Jenny. Il arrive dans une usine sous-marine mobile, dirigée par une intelligence artificielle.
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Jenny et Francis franchissent des paliers virtuels qui les conduisent au centre de l’Usine. En récompense pour leurs pensées positives, ils se matérialisent dans un monde créé grâce à leurs désirs. Une prison dorée où leur vie est observée, analysée et cataloguée dans une immense banque de rêves. Dans l’Usine, le beau-frère de Grant meurt. L’amiral rend Delphy responsable de sa mort.
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Delphy se réveille, après un coma de trois semaines. L’amiral Grant lui montre une géode qui cache des cristaux. Ils émettent une onde encore jamais mesurée. Francis accélère sa guérison pour reprendre son poste avant le prochain départ. À bord, Thomas Brandy remplace Wally, blessé. Le Poséidon observe des modifications d’un fond sous-marin, proche de l’Antarctique.
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Une île se forme suite à une violente subduction, accompagnée d’une explosion de méthane. Le yacht de Thor Stafford et Chris Haller est bloqué au milieu de cette île neuve, alors qu’ils exploraient les environs, à la recherche des « pierres de vie », apparentées à la roche noire trouvée par Grant. Delphy et Brandy rejoignent les naufragés, pendant que le Poséidon est en réparation.
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Francis découvre que lui et Thomas se sont déjà rencontrés, il y a plus de vingt ans. Suite à une série de séismes, l’île Neuve est partiellement engloutie. Chris convainc Grant d’aller récupérer les pierres, avant que l’île ne disparaisse complètement. Francis et Thor, tous les deux sireins, remontent à la surface juste à temps, mais laissent deux hommes derrière eux.
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Marion, la fille de l’amiral, écrit un article sur les sireins. Une photo de Thor, floue, montre qu’il s’agit d’un homme. Delphy est suspecté. Francis guérit la jambe de Wally, encore malade. Le Poséidon, avec Régina, retourne où l’île Neuve a disparu. Le Poséidon est guidé dans une géode géante, tapissée de cristaux aux vertus changeantes.
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Le Poséidon est toujours bloqué dans la géode, une dimension transitoire appelée « Ville des Milieux ». L’équipage s’y perd. Thomas Brandy y a rencontré les Orsaniens et s’intéresse à leur technologie. Chris Haller et Thor Stafford récoltent les cristaux translucides. Le seul moyen de sortir de ce piège : tous les hommes d’équipage doivent viser un même but.
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Le Poséidon offre une pause à son équipage, conduit par petits groupes sur l’île Garden, le temps que Thyria apprenne à s’occuper de son bébé. De retour chez lui, Francis apprend que Jenny et Thor préparent une exposition sur les minéraux. Francis et Wally sont envoyés à Rome pour protéger Thor, victime de menaces. Mandis s’associe avec Marion pour surveiller les réactions des médias.
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Thor le sirein fuit vers le Poséidon. Son nom, associé à son corps hybride, est publié dans la presse. Jenny et Francis prennent sa défense, contrairement à Mandis. Confiné dans sa cabine, Thor peut en sortir et adopter l’apparence de n’importe quel homme d’équipage. Même celle de Delphy, qu’un agent du FBI infiltré à bord prend pour Thor. Il veut le conduire à terre, mais leur hélicoptère est attaqué et plonge dans l’océan.
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À Rome, Régina espère enfin retrouver son fils Erican, mais il est subitement rentré à Venise. À son domicile, Francis, sa sœur, sa fille et ses amis apprennent qu’Erican a aussi disparu en public, comme Mandis. Francis et Régina cherchent des indices cachés dans Venise, afin d’obtenir en échange les œuvres de l’artiste. Dans les canaux, les méduses se font de plus en plus nombreuses, annonciatrices d’une perturbation énergétique.
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À bord du Poséidon, Thor Stafford et Bryan Brandt, chercheur du CIPE, enquêtent sur les disparitions. Ils suivent le plan d’exploration du K-CIPE disparu. Ils ont déjà découvert des cristaux aussi puissants que ceux de la géode, dont Brandt fait une démonstration. Marion et Francis s’intéressent aux tableaux d’Erican, intrigués par les nombreux symboles qu’ils cachent. Avec Alfred Baumann, ils se rendent chez Chris Haller, où Régina habite aussi désormais.
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Delphy se réveille sur Orsano, mais n’est pas sûr qu’il s’agisse d’une planète ou d’une dimension parallèle. Il partage de bons moments avec Mandis et Siergo, comprend la symbolique des niveaux, apprend que Wally et le K-CIPE ont réapparu dix jours après leur disparition. Il rencontre Aniella, qui a enlevé Erican à l’âge de cinq ans, puis Erican lui-même. Alors qu’il reçoit d’intéressantes réponses, il revient sur Terre, à Lausanne, amnésique et sans ressources.
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Francis prend contact avec Alfred Baumann, établi à Genève. Il en apprend beaucoup sur son passé et peut enfin rentrer chez lui. Marion et Jenny l’accueillent, ainsi que le petit Noé. Quand Wally revient de mission, l’ambiance devient tendue. À l’anniversaire de Jenny, Delphy retrouve sa famille et un peu de mémoire. Pour reprendre son poste à bord du Poséidon, Delphy doit se soumettre à des tests sous hypnose.
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Perturbé par des flashs aveuglants et intermittents, Delphy retrouve tout de même sa fonction pour une nouvelle mission : explorer des fonds marins à haut potentiel énergétique. Il conduit un robot cartographe télécommandé. Le chef Ryffel remplace Delphy au pilotage, car ses flashs le rendent imprévisible. Francis plonge, appelé par une méduse géante.
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Le sous-marinier réalise que ses perturbations ont commencé suite à sa séance d’hypnose, conduite par Bryan Brandt. Delphy quitte le Poséidon pour régler ses problèmes. Accompagné d’Alfred Baumann, il est engagé à bord du K-CIPE. Les six chercheurs nient avoir été enlevés et Brandt fait pression sur Delphy pour qu’il se taise.
